Причиной войны послужило присоединение Восточной Грузии к России, принятое ещё 18 января 1801 года Павлом I.
12 сентября 1801 года Александр I подписал "Манифест об учреждении нового правления в Грузии", Картли-Кахетинское царство входило в состав России и становилось Грузинской губернией империи. Далее добровольно присоединились Бакинское, Кубинское, Дагестанское и др. царства.
В 1803 г. присоединилась Менгрелия и Имеретинское царство. В ноябре 1803 - январе 1804 штурмом взята Гянджа (Гянджинское ханство). 10 июня 1804 персидский шах Фетх-Али (Баба-хан), вступивший в союз с Великобританией, объявил войну России.
В начале июня персы (царевич Аббас-Мирза) вторглись в Эриванское ханство. 20 июня персы были разбиты П.Д. Цициановым у урочища Гумры, у Эчмиадзинского монастыря, на реке Занга и у деревни Калагири; 25 июня - разбиты на реке Аракс; 17 июля - под Эриванью, однако русским не удалось взять Эривань (современный Ереван).
В июне 1805 года Аббас-Мирза предпринял наступление на Тифлис, но героическое сопротивление небольшого отряда Карягина на реке Аскерань у Карабахского хребта позволило Цицианову собрать силы и в конце июля разбить персов на реке Загам недалеко от Гянджы. В 1805 г. к России присоединились Карабахское, Шекинское, Ширванское ханства, а также Шурагельский султанат.
8 февраля 1806 г. Цицианов был убит во время переговоров с бакинским ханом. Назначенный вместо него И.В. Гудович летом 1806 разгромил Аббас-Мирзу при Каракапете (Карабах) и покорил Дербентское, Бакинское (Баку) и Кубинское ханства (Куба).
Начавшаяся в ноябре 1806 русско-турецкая война заставила русское командование заключить зимой 1806-1807 годах Узун-Килисское перемирие с персами. Но в мае 1807 года Фетх-Али вступил в антирусский союз с наполеоновской Францией, и в 1808 военные действия возобновились. Русские взяли Эчмиадзин, в октябре 1808 разбили Аббас-Мирзу при Карабабе (к югу от оз. Севан) и заняли Нахичевань. После неудачной осады Эривани Гудович был заменен А.П. Тормасовым, который в 1809 отразил наступление армии во главе с Фетх-Али в районе Гумры-Артик и сорвал попытку Аббас-Мирзы захватить Гянджу. Персия разорвала договор с Францией и восстановила союз с Великобританией, которая инициировала заключение персо-турецкого соглашения о совместных операциях на кавказском фронте.
В мае 1810 г. армия Аббас-Мирзы вторглась в Карабах, но немногочисленный отряд П.С. Котляревского нанес ей поражение у крепости Мигри (июнь) и на реке Аракс (июль), в сентябре персы были разбиты под Ахалкалаки, и тем самым русские войска помешали персам соединиться с турками. После завершения в январе 1812 года русско-турецкой войны и заключения мирного договора, Персия стала склоняться также к примирению с Россией. Но известие о вступлении Наполеона I в Москву укрепило военную партию при шахском дворе; в южном Азербайджане для нападения на Грузию была сформирована армия под началом Аббас-Мирзы. Однако Котляревский, перейдя Аракс, 19-20 октября разгромил во много раз превосходящие силы персов у Асландузского брода и 1 января взял Ленкорань. Шаху пришлось вступить в мирные переговоры.
12 октября 1813 был подписан Гюлистанский мир (Карабах), по которому Персия признала вхождение в состав Российской империи восточной Грузии и Сев. Азербайджана, Имеретии, Гурии, Менгрелии и Абхазии; Россия получила исключительное право держать военный флот на Каспийском море.